Как оформить командировку, в которую работник отправляется не из города, в котором находится место работы?

Здравствуйте! Скажите, пожалуйста, необходимо заключить срочный трудовой договор с сотрудником. Организация находится в Санкт-Петербурге, все сотрудники работают здесь. Так же оформляем и этого сотрудника. Проблема лишь в том, что фактически живет он в Москве и оттуда поедет в командировку длительную и возвратится также туда. Соответственно подтверждающие документы будут Москва - место назначения, место назначения - Москва. Скажите, пожалуйста, как корректно это оформить? Просто я так понимаю, что командировка правильно оформляется в данном случае СПб-место назначения, раз местора работы Санкт-Петербург.... как же тогда быть, быть может что то поменять в трудовом договоре? Заранее спасибо за помощь!